pendant que "MRT.exe" peut être un outil efficace de protection, il a quelques limitations. En premier lieu, il supprime uniquement les fichiers de logiciels malveillants que Microsoft a jugées répandue, dont la société admet est seulement une petite minorité des virus, vers et troyens qui pourraient affecter votre ordinateur. Il ne prévient pas les logiciels malveillants d'être installé sur votre ordinateur, et, parce qu'il exécute automatiquement une fois par mois, un virus pourrait sévir dans votre ordinateur pendant des semaines avant qu'il ne soit détecté et supprimé. Enfin, de nombreux programmes malveillants peuvent effectivement entraver le fonctionnement du "MRT.exe."